Hallo Lucas,
entschuldige die späte Antwort. Diese Woche war irgendwie jeder Tag ein Montag. 
Zum Thema:
Zunächst kannst Du die Voraussetzungen tatsächlich zu großen Teilen einfach vor der Haupt-Installation installieren lassen. .NET Framework würde ich allerdings nicht mit dem Paket selber installieren lassen, da hier fast jede neue Windows Version andere Sourcen benötigt (z.B. Win11 23H2 → Win11 24H2). In unserem „Application Package Depot“ (APD) gibt es daher ein eigenes Paket dafür. In Dein Paket solltest Du dann nur einen Test auf die richtige .NET Framework-Version einbauen.
Für die Prüfung auf .NET Framework und die Installation von Voraussetzungen wäre „Devolutions Remote Desktop Manager“ aus dem APD ein gutes Beispielpaket. Da kannst Du Dir einfach abgucken, wie das umgesetzt werden kann. Wir legen dafür paketspezifische Variablen in der neo42PackageConfig.json an, die dann in der Deploy-Application.ps1 genutzt werden.
Weitere Setups/MSIs kannst Du auf die gleiche Weise hinzufügen. Lege die benötigten paketspezifischen Variablen an (InstFile_[MySetup], InstPara_[MySetup], UninstFile_[MySetup], UninstPara_[MySetup], und ggf. weitere falls benötigt), und füge in den Custom-Bereichen nach der Installation die Benötigten Aufrufe hinzu.
Beispielsweise könntest Du „CustomInstallAndReinstallAndSoftMigrationEnd“ nutzen und da Execute-Process einfügen:
[int]$returnCode = (Execute-Process -Path $global:PackageConfig.PackageSpecificVariables.InstFile_[MySetup] -Parameters $global:PackageConfig.PackageSpecificVariables.InstPara_[MySetup] -ExitOnProcessFailure $false -PassThru).ExitCode
if ($returnCode -notin $null,0,1641,3010) {
Exit-NxtscriptWithError -ErrorMessage "Installation of '$($global:PackageConfig.PackageSpecificVariables.InstFile_[MySetup])' failed!" -MainExitCode $returnCode
}
Äquivalent kannst Du dann auch die Deinstallationen unter „CustomUninstallBegin“ oder „CustomUninstallEnd“ hinzufügen.
Ich hoffe, dass Dir das weiter hilft.
Beste Grüße
Holger