Die Zauberwörter heißen Automatisierung + Standardisierung. Es ist halt für uns einfacher, wenn wir Customizings so anlegen wie wir sie definieren. Die ganze Dokumentation zu dem Powershell Script Merge-FilesToPackage.ps1 beschreibt dieses Vorgehen. Ich gebe dir Recht Die Struktur wird erst nach einmaligen Lauf für das jeweilige Paket angelegt und erst wenn die Struktur da ist kann man was reinkopieren. Die Logos musst du aber nur genau 1x ablegen und das Script sorgt dafür das sie in jedes PSADT Paket integriert werden.
Völlig unabhängig welches Deploymentsystem du nutzt, wird das Paket vor dem Deployment angepasst.
Wenn es nur um Logos geht kann man das natürlich auch wie in Tipps und Tricks – Anpassen des Logos der AskKillProcess Benutzerabfrage beschrieben umsetzen.